El origen del caballo Falabella está unido a los orígenes del caballo en América Latina. Los caballos Andalusian que los españoles trajeron para lograr la enorme tarea de la conquista, escogidos por su rusticidad y resistencia, fueron posteriormente abandonados, ya que las tentativas para conquistar a los habitantes del área fracasaron.

Vagando sin destino sobre los llanos enormes ("LA PAMPA"), los caballos que sobrevivieron sufrieron por necesidad una serie de procesos biológicos y cambios estructurales para adaptarse a las condiciones nuevas, tan diferentes de las de su tierra natal.

Considerando que el sol fuerte, los vientos fríos del sudoeste (" El Pampero"), las tormentas feroces y la aridez de la tierra, obligaron a los caballos a recorrer grandes distancias para encontrar agua y pasto. Esto les dio la resistencia incomparable; su temperamento y sus instintos se agudizaron debido a la persecución de los Indios o el acecho del puma.
Seguramente, todos estos factores, con el crecimiento continuo y el aislamiento causaron mutaciones genéticas en generaciones sucesivas. Esto originó la clase de caballo que los antepasados de la familia Falabella, vieron por primera vez a mediados del siglo XIX en las manadas de los Indios Mapuche de provincia de Buenos Aires al sur de Argentina.

Después de muchos años de cruce y selección, la familia Falabella alcanzó una manada de caballos armoniosos y bien estructurados menos de 40 pulgadas (alrededor de 102cm.) de altura, los cuales mantenían las mismas dimensiones en sus rasgos igual que los primeros caballos FALABELLA.

La familia Falabella procuró mejorar la clase y refinar la forma del caballo. Con el fin de lograr estos objetivos, Falabella introdujo especimenes de criadores europeos, pequeño Thoroughbreds, ponis galeses, Shetlands, pequeños caballos de Europa Oriental, Criollos y sus hermanos. Las generaciones sucesivas de la familia Falabella consiguieron caballos muy pequeños considerablemente más armoniosos en la forma que sus precursores y redujeron la altura al estándar presente de menos de 30 pulgadas (alrededor de 76cm).

Después de 1940, Julio C. Falabella comenzó un registro de nacimiento y detalles genealógicos para algunos de sus caballos. Debido a su notable memoria y a algunos antiguos datos que se le facilitaron, fue capaz de lograr, por inferencia, genealogías hasta veinte años atrás aproximadamente. Este primer registro, no siempre metódico, ha sido sistematizado a mediados de los años sesenta, usando técnicas clásicas genealógicas.

En 1980, honrando el trabajo hecho por J.C. Falabella para el desarrollo de la clase, Establecimientos Falabella decidieron rediseñar el Registro. Incorporaron herramientas nuevas, como el ordenador. El orden cronológico ha sido cambiado, y números ascendentes desde 1980 en adelante han sido asignados al registro de cada caballo.

Los números descendentes precedidos por la sigla "A" ha sido asignada a los caballos nacidos antes de 1980. Asimismo, viejas anotaciones han sido investigadas y las técnicas han sido mejoradas, dando al Registro la forma que este tiene actualmente.
Ya desde el principio de los años 1950, cuando la clase comenzó a extenderse internacionalmente, hasta el presente, soberanos, personalidades internacionales y criadores de caballos han mostrado un gran interés al Falabella. Esto puede ser dicho, sin la vacilación, que no hay ningún lugar en el mundo donde un Falabella no ha pisado. De Alaska a Tierra del Fuego (la punta meridional en el mundo), de las regiones tórridas de la península árabe a los fríos fiordos de Noruega, o de Japón rubicundo a Atacama árido, el Falabella ha sido alimentado, o ha procreado o se ha desarrollado de una forma asombrosa.