La casta del caballo miniatura fue extraída de muchas fuentes. Utilizó la sangre de los caballos ingleses y holandeses (Minishetland). Fue llevado a ese país en el siglo diecinueve y utilizado en algunas minas de carbón hasta el año 1950. También utilizó la sangre del potro de Shetland, el cual aparece en los pedigríes de algunas miniaturas hoy. En la última década, varios criadores han importado caballos miniatura de Inglaterra, de Holanda, de Bélgica, y de Alemania, mientras que otros han criado selectivamente miniaturas de las castas más grandes de caballos.
Descienden de los Shetland y al mismo tiempo de una versión diminuta y anormal del Pura Sangre, cruzados luego en línea de consanguinidad por lo que perdieron mucho de la fuerza de su antepasado.

El origen exacto del caballo miniatura es a menudo un asunto de especulación.
Muchas personas creen que los primeros caballos miniatura eran un resultado de pequeños caballos islandeses que, como se dice, es muy pequeño en estatura debido al tiempo frío y áspero de Islandia.
Allí el pelaje es muy espeso para protegerlos de los elementos.
Muchos de los caballos miniatura en los Estados Unidos y en otros países desarrollan un pelaje muy espeso que requiere ser esquilado en Primavera. Sin embargo, a la mayor parte de los caballos miniatura después de dos o tres primaveras, les crece un pelaje fino y brillante como a sus hermanos mayores.

Los caballos miniatura fueron criados en los Estados Unidos para ser usados como animales de tiro en las minas, debido a su conformación muy fuerte y capacidad de tirar cargas muchas veces su propio peso. Mo orman Field Bedford, Virginia, es acreditado por ser el primer verdadero criador de caballos en miniatura en América. Según su hijo, Tom Field, Mo orman compró los caballos más diminutos " o ponis de hoyo ", como los llamaron, para las minas y cuando llegó la automatización comenzó a criarlos a un tamaño más pequeño, en miniatura. Mo orman también trajo miniaturas importadas de Holanda debido a las coloraciones únicas.

Hoy, los caballos miniatura tienen muy probablemente la variedad de color más amplia de cualquier clase equina. Hay Pintos y Appaloosas, así como los colores sólidos que incluyen la Gamuza, la Castaña, Palomino, Gris, Alazán, Negro, Blanco, Ruanos, y la Bahía. Plata Dapples es también muy evidente en la clase de caballo miniatura.
McCoy el Herrero de Virginia Occidental era también uno de los primeros criadores de caballos miniatura.

J. C. Williams de Carolina del Sur así como muchos otros Criadores Americanos significativos de Caballos miniatura a menudo traían caballos miniatura importados de Europa para realzar sus programas de cría. Sus granjas son conocidas en todo el mundo como los productores de unos los caballos miniatura más finos y más pequeños criados en los Estados Unidos.