Los sementales son generalmente capaces de criar a la edad de 2 años, sin embargo, la mayor parte de sementales deberían tener al menos 3 o 4 años antes de convertirse en un pequeño semental de manada. Un semental de manada bueno es a menudo el que tiene 5 años o más. Los criadores siempre deberían considerar el temperamento del semental perfilando un programa de cría. La altura y la conformación del semental son a menudo la primera consideración, el descendiente anterior debería ser un factor en la determinación de su calidad para elegir dicho semental. El color puede ser importante para el criador, y el descendiente del Pedigrí del semental si se sabe debería ser considerado también.

Deberían tener 3 años o más antes de la reproducción. Las mismas consideraciones mencionadas anteriormente se aplican a la Yegua.
Puede ser la yegua, y no el semental, en muchos de los casos, la que determinan la altura y la conformación del potro. Un buen criador de caballos miniatura mantiene los registros exactos de los padres y su descendencia para determinar que sementales y yeguas deberían ser usados en el programa de cría. No todas las yeguas y no todos los sementales son convenientes para la cría.
A muchos potros miniatura no les descienden los testículos a el escroto hasta que tienen 3 años de edad.

Desafortunadamente muchos veterinarios desconocen este hecho y a los potros miniatura que pasan el año de edad y no les han descendido los testículos los llaman "cryptorchids". Este no es el caso, los caballos miniatura maduran de manera diferente que los caballos normales.

El apareamiento generalmente se logra colocando a el caballo con un grupo de yeguas. El apareamiento también se logra introduciendo el caballo en la yegua cuando esta en celo y controlando a la yegua y el caballo durante el proceso de cubrición.

El periodo normal de gestación está entre 320 y 360 días después de la fecundación.

El parto bajo circunstancias normales ocurre rápidamente. Si no hay complicaciones el potrillo nace en menos de 10 minutos contados desde el momento en que la yegua tiene sus primeras contracciones.

Los potrillos son generalmente muy fuertes y activos a las dos horas de su nacimiento y se amamantan vigorosamente de 4 a 7 veces por hora.

Si los potrillos están enfermos, se verán apáticos, distraídos y no se amamantaran. Es importante buscar atención medica en esos casos dentro del primero y segundo día de su nacimiento o el potrillo podría morir si no es atendido.

. La cría de caballos en miniatura requiere una inversión sustancial así como el tiempo del criador, sobre todo durante la estación de cria; que es por lo general de marzo a junio, según el clima y la posición. La estación de cría natural parece estar sujeta a las horas de luz del día y como los días se hacen más largos y brillantes, aumentan las posibilidades de éxito en los partos.

Algunos criadores usan cuadras con calefacción y luz artificial para prolongar la estación de cria.